V roce 1999 vznikla ve společnosti výzkumně vývojová sekce Mechatronické systémy, která od 1.7.2013 nese název Divize Letecká a pokročilého řízení. Divize zajišťuje kompletní vývojový cyklus produktu od prvotní analýzy technického zadání s návrhem řešení, přes vývoj software, hardware a design mechanických dílů, až po výrobu prototypů, testovaní dle požadovaných norem a malosé­riovou výrobu.

O tři roky později se společnost rozšířila o implementace výrobních informač­ních systémů MES (Manufacturing Execution System) a došlo k vývoji vlastního produktu – výrobního informačního systému PHARIS®. Původně byl tento systém vytvořen pro farmaceutický průmysl, avšak po provedení průzkumu trhu a dopracování funkcionalit vznikl produkt schopný řešit komplexní řízení výroby i v diskrétních výrobách, jako je kovovýroba a lisovaní plastů. Svými moduly pokrývá celý výrobní proces od zaplánování zakázky, přes sledování rozpracované výroby, až po její vyhodnocení.

Převážná část stávajících aktivit v ob­lasti řízení technologií je zaměřena na velké investiční celky v energetice, petrochemickém a chemickém průmyslu, což inicializovalo vytvoření strojně – technologické sekce. Její náplní je především procesní inženýrství, strojní, stavební a potrubářské projekční práce, 3D modelování a kontrola důležitých technolo­gických operací.

Realizace řady aplikací v petroche­mickém průmyslu umožnila osvojit si řízení technologických procesů z portfolia předních světových poskytovatelů – licenzorů průmy­slových technologií. V energetice je UNIS schopen nabídnout komplexní řízení velkých elektrárenských či teplárenských bloků, včetně zabezpečovací automatiky a řízení turbín. Projekty v energetice, petrochemickém a chemickém průmyslu se vyznačují mimo­řádnými nároky na řídicí techniku a zajištění bezpečnosti a z tohoto důvodu UNIS řadu let spolupracuje s předními světovými výrobci měřicí a řídicí techniky.